LeDoux, bilincin beynin bilinçdışı sistemlerinden gelen bilgilerin organize edilmesiyle oluştuğunu savunur. Bilinç, beynin daha karmaşık ve planlı işlemlerini yönetirken, bilinçdışı mekanizmalar hızlı ve otomatik tepkilerden sorumludur. Örneğin, bir çevresel tehdit algılandığında amigdala, bilincin devreye girmesini beklemeden bu sinyali hızlı bir şekilde işler ve bireyin kaçma veya savunma tepkisini tetikler. Bu, bilinçdışının düşünceleri ve davranışları hızlı bir şekilde yönlendirdiğini gösterir.
LeDoux, bilinçli düşüncelerin genellikle bilinçdışı mekanizmaların çıktılarına dayandığını vurgular. Bu etkileşim, beynin birden fazla bölgesinin koordineli bir şekilde çalışmasıyla mümkün olur. Prefrontal korteks, limbik sistemden gelen duygusal tepkilerle duyusal kortekslerden gelen bilgileri birleştirir ve bu verileri analiz ederek bilinçli bir karar veya düşünce oluşturur. Bilinç, bilinçdışından gelen bu bilgiyi organize ederek bireyin çevresini anlamlandırmasına yardımcı olur. Örneğin, bir nesneyi tanımak için beynin fiziksel özellikleri analiz etmesi, bu bilgiyi bellekteki önceki deneyimlerle eşleştirmesi ve son olarak anlamlı bir bilinçli çıktı olarak organize etmesi gerekir. Bu süreçte, limbik sistemin hızlı tepkileriyle prefrontal korteksin düşünsel düzenleme kapasitesi arasındaki etkileşim kritik bir rol oynar.